Thayil ble født i Seattle i 1960 og vokste opp i Chicago -forstaden Park Forest. Foreldrene hans kom fra delstaten Kerala i India til Seattle. Faren Boniface Thayil tok en grad i kjemiteknikk, fikk jobb i Chicago og flyttet dit med familien. Thayil begynte å skrive tekster som 12 -åring.